PROTEİN: YAPI VE FONKSİYON

AMAÇ

Bu dersin amacı, proteinin 3-boyutlu yapısı ve bu yapının proteinin fonksiyonu üzerine etkisi hakkında bilgi sahibi olmaktır. Ayrıca, yeni fonksiyona sahip proteinler tasarlar.

İÇERİK

Bu ders; Temel Yapısal Prensipler,Protein Katlanma ve Esnekliği,DNA Yapısı,Yapı, Fonksiyon ve Mühendislik,Prokaryot ve ökaryot hücrelerde DNA tanınmasının mekanizması,Enzim Katalizi,Membrane Proteinleri,Signal Transdüksiyonu,Fibroz Proteinler,Yabancı moleküllerin immün sistemi tarafından tanınmasının mekanizması,Sferik viruslerin yapısı,Protein Yapılarının tahmin, dizayn edilme prensipleri,Protein yapılarının belirlenmesi,Seçilmiş Konular; konularını içermektedir.

1. 1

   Capable of building the relation between protein structure and function

   Öğretim yöntemi: Öğretme – öğrenme yöntem ve stratejileri, öğrencilerin kendi kendine çalışma, yaşam boyu öğrenme, gözlem yapma, başkasına öğretme, sunma, eleştirel düşünme, takım çalışması, bilişimden etkin yararlanma gibi becerilerini arttıracak şekilde seçilmektedir. Ayrıca, öğretim tarzının farklı kabiliyetleri olan öğrencileri destekleyecek biçimde olmasına dikkat edilir. Programında kullanılan eğitim-öğretim metotları aşağıdaki listede verilmiştir **: Eğitim - Öğretim Yöntemleri *, Gösterip Yapma Yöntemi, Örnek Olay Yöntemi, Rol Oynama ve Drama Tekniği, Deney yapma Tekniği, Deneyimle Öğrenme Modeli · Değerlendirme: Klasik Yazılı Sınav, Ödev, Proje Görevi

2. 2

   Proteins can be designed with novel functions.

   Öğretim yöntemi: Öğretme – öğrenme yöntem ve stratejileri, öğrencilerin kendi kendine çalışma, yaşam boyu öğrenme, gözlem yapma, başkasına öğretme, sunma, eleştirel düşünme, takım çalışması, bilişimden etkin yararlanma gibi becerilerini arttıracak şekilde seçilmektedir. Ayrıca, öğretim tarzının farklı kabiliyetleri olan öğrencileri destekleyecek biçimde olmasına dikkat edilir. Programında kullanılan eğitim-öğretim metotları aşağıdaki listede verilmiştir **: Eğitim - Öğretim Yöntemleri *, Gösterip Yapma Yöntemi, Örnek Olay Yöntemi, Rol Oynama ve Drama Tekniği, Deney yapma Tekniği, Sorgulama Temelli Öğrenme Modeli, Deneyimle Öğrenme Modeli · Değerlendirme: Klasik Yazılı Sınav, Ödev, Proje Görevi

3. 3

   The impact of environment on the enzyme kinetics can be interpreted.

   Öğretim yöntemi: Öğretme – öğrenme yöntem ve stratejileri, öğrencilerin kendi kendine çalışma, yaşam boyu öğrenme, gözlem yapma, başkasına öğretme, sunma, eleştirel düşünme, takım çalışması, bilişimden etkin yararlanma gibi becerilerini arttıracak şekilde seçilmektedir. Ayrıca, öğretim tarzının farklı kabiliyetleri olan öğrencileri destekleyecek biçimde olmasına dikkat edilir. Programında kullanılan eğitim-öğretim metotları aşağıdaki listede verilmiştir **: Eğitim - Öğretim Yöntemleri *, Rol Oynama ve Drama Tekniği, Deney yapma Tekniği, Proje Temelli Öğrenme Modeli · Değerlendirme: Klasik Yazılı Sınav, Ödev, Proje Görevi

4. 4

   Capable of interpretation of the results obtained from molecular dynamics simulations in terms of protein structure-function relationship.

   Öğretim yöntemi: Rol Oynama ve Drama Tekniği, Deney yapma Tekniği, Proje Temelli Öğrenme Modeli · Değerlendirme: Klasik Yazılı Sınav, Ödev, Proje Görevi

HAFTALIK PLAN

1. HAFTA 1

   Temel Yapısal Prensipler

2. HAFTA 2

   Protein Katlanma ve Esnekliği

3. HAFTA 3

   DNA Yapısı

4. HAFTA 4

   Yapı, Fonksiyon ve Mühendislik

5. HAFTA 5

   Prokaryot ve ökaryot hücrelerde DNA tanınmasının mekanizması

6. HAFTA 6

   Enzim Katalizi

7. HAFTA 7

   Membrane Proteinleri

8. HAFTA 8

   Signal Transdüksiyonu

9. HAFTA 9

   Fibroz Proteinler

10. HAFTA 10

    Yabancı moleküllerin immün sistemi tarafından tanınmasının mekanizması

11. HAFTA 11

    Sferik viruslerin yapısı

12. HAFTA 12

    Protein Yapılarının tahmin, dizayn edilme prensipleri

13. HAFTA 13

    Protein yapılarının belirlenmesi

14. HAFTA 14

    Seçilmiş Konular

DEĞERLENDİRME

• Ara Sınavın Başarıya Oranı30%
• Genel Sınavın Başarıya Oranı70%

İŞ YÜKÜ

KAYNAKLAR

• Introduction to Protein Structure, 2 nd Edition, Carl Brendon and John Tooze

ÖĞRETİM ELEMANLARI

• Assoc.Prof. Özge ŞENSOYKOORDİNATÖR
• Assoc.Prof. Özge ŞENSOY